На болотах вам просто нужно усилить присутствие группировки, как это сделать понятно, а вот где выбирайте сами. После выполнения этого задания выбивайте бандитов с фермы. Победив в неравном бою, идите и обезопасьте дороги на кордон и Агропром. А потом с проводником отправляйтесь на кордон.

Прямо перед вами военные, убегите от них. А потом идите к торговцу Сидоревичу, знакомому ещё по первой Тени Чернобыля. За небольшое поручение он расскажет вам о сталкере, который интересовался деталями. Вам нужно принести ему кейс. Перед этим можете поговорить с Волком. Теперь приступайте к выполнению задания. Для начала идите и поговорите с Валерианом. Он за насыпью, он предложит вам самим поговорить с заложником, с командиром военных, который знает где кейс, но не говорит, знает, что его не убьют. Он всё равно не скажет. Тогда идите, поговорите с лидером сталкеров, он предложит убрать подельников военного. Так и сделайте. После уничтожения двух групп военных вернитесь к заложнику. Он выдаст место тайника. Если после этого поговорите с ним, то он попросит у вас пистолет, за это он расскажет вам о местоположении его тайника. Я дал ему пистолет, согласитесь, он своё отсидел, тайник выдал. Идите к тайнику, он под мостом в корзинке, кстати, под мостом засел солдат, не стреляйте, он не опасен. Отнесите хабар Сидоревичу.
После этого отправляйтесь к диггерам — там вы узнаете, что искал сталкер по имени Клык. Придя на место, вы обнаружите труп, прочитайте информацию из КПК диггера. Он отправил посланника к Клыку, идите и найдите посланника, помогите ему отбиться от псов. Он скажет вам, что Клык ушел в тёмную долину. Двигаясь вперёд, вы попадёте на блок пост группировки Свобода, делайте то, что вам скажут, а то вас либо пристрелят, либо вы не сможете выполнить задание. Сталкер скажет вам, что о Клыке знать могут только на их базе, идите туда. Там поговорите с комендантом, он скажет, что для того чтобы получить аудиенцию у их лидера нужно поработать. Для начала избавьте их от страшного мутанта и вернитесь за дальнейшими указаниями. Он скажет вам отнести боеприпасы на форпост, но сначала возьмите сами патроны у торговца Ашота. Идите на форпост, когда вы доберётесь, то увидите, что никого нет в живых, принесите КПК Чехову.
Как выяснилось — комендант предатель и сразу куда-то исчез. Принесите его КПК Чехову, за это он даст вам частоту КПК Клыка, по которой его можно выследить, в частности, сейчас он на свалке. Да и ещё, выложите всё ценное, потому, что вместо Клыка вы найдёте бандитов, которые заберут всё, можете так же потратить все деньги — их нельзя выложить и даже, если вы выполните задание по возврату имущества, денег никто вам не вернёт. Итак, оклемались. Поднимите КПК Клыка, который он потерял. После этого на связь выйдет Лебедев и скажет отправляться на поиски тайника Клыка и компании. Заберите всё своё снаряжение и идите искать тайник.

Люк, ведущий в подземелье, всё равно закрыт, поэтому пробегитесь по дороге от Агропрома и найдите блокпост группировки Долг, там поговорите с главным. Правда, в этом случае я воспользовался альтернативным способом разговора — перестрелял все, потому, что командир почему-то не говорил со мной. Идите на базу Долга и поговорите с лидером. Он скажет, что готов помочь спуститься, если вы поможете ему. Вам нужно затопить нору, для этого идите к сержанту Наливайко.
Не думая о грустном, спускаетесь в подземелье. Минуя огненные аномалии и избегая мутантов, идите направо до лестницы ведущей наверх. В следующей комнате нужно уничтожить всех мутантов, собственно там он всего один, но и он со своим психическим воздействием попортит вам немало крови. Чтобы его уничтожить подберитесь к нему поближе, но так чтобы он вас заметил не сразу. Не ходите по мосту. Когда задание будет выполнено, идите в следующую комнату и поверните вентиль (этим вы затопите подземелья), а потом бегите со всех ног. По пути вы сможете наблюдать не обращающих на вас никакого вынимания мутантов, просто бегите.
Настало время найти тайник, он не изменил своего местоположения, по сравнению с предыдущей частью. Помните, что как и раньше в подземелье обосновались бандиты. В тайнике вы узнаете, что Стрелок и компания однажды прошли в центр зоны и собираются повторить поход. Выбирайтесь из подземелья и поговорите с учёным Сахаровым на Янтаре.
Он сообщит, что Стрелок должен был протестировать устройство защиты от Пси-излучения, но пропал. Чтобы найти его след, сначала добудьте документы у группы сталкеров, которые тоже пропали. Будьте осторожны, там водятся всякие пси-твари, с которыми сражаться — только тратить патроны — твари бесконечные. Поэтому просто добегите до трупов сталкеров, возьмите КПК и бегите обратно.
Эта информация оказалась крайне полезной, встретьтесь с отрядом Левши. После того, как вы поможете им перезапустить охлаждающую установку, Сахаров засечёт сигнал стрелка, он идёт в рыжий лес, ступайте за ним.
Итак, стрелок прямо перед вами, но не обольщайтесь, на пути засада, а пока вы с ней разбираетесь, Стрелок взорвёт тоннель и уйдёт. Чтобы пробраться за ним, нужно найти лесника, а чтобы найти лесника, нужно идти через лес, по пути вы найдёте труп, возьмите с него КПК и идите на его цель. Когда дойдёте до места, то нужно найти вход в аномальную зону (аля портал) над танком, просто залезьте в неё.
Оказавшись на месте, идите к леснику. Он отправит вас на военные склады, чтобы принять сигнал от сталкеров из-под Лиманска, они попали в ловушку и ему (и вам) нужно знать всю информацию. Пройдите на соседнюю локацию и поговорите с командиром поста Свободы, потом идите в деревню наёмников и пообщайтесь там с главным. Он скажет, где самый лучший приём — на водонапорной башне, но там мутант-кровосос, избавьтесь и от него. Наверху вы примите сигнал от сталкеров, возвращайтесь к леснику. Он отправит вас возвращать артефакт, похищенный бандитами — только он может помочь вернуться из аномалии. Теперь дело за малым, осталось передать сталкерам нужную информацию и они сами выйдут из аномалии — по мосту, заодно его освободят от бандитов и опустят. Спросите у наёмников как лучше пробраться к военному передатчику. Он спросит у вас, как вы хотите действовать: в одиночку или с группировкой Свобода, выбирайте, что вам угодно.

После того, как сталкеры благополучно выберутся, идите к мосту и прикройте огнём группу Лебедева. Поговорите с лидером и полезайте на второй этаж вышки и прикрывайте бойца возле моста, не забывайте и о снайперах.
После захвата моста с боем разведайте дорогу через Лиманск. Правда, по дороге продеться повоевать. Чуть дальше обходите аномалии, возвращающие вас назад, последнюю обойдите через ржавый автобус. В конце концов, вам придется пройти сквозь строительную площадку — будьте аккуратны, там полно врагов.
После этого дорогу перекроет забор под током, отключите генератор и продвигайтесь в заброшенный госпиталь. Вот там то и будет жарко, делайте то, что вам говорит лидер стакеров: останетесь в живых и спасёте ещё кучу жизней. Потом прибудут военные, но вам без разницы кто враг, главное сбейте вертолёт, для этого удобнее всего использовать пулемёт РП-74. Потом тихонько сваливайте (через двери на втором ярусе, они были до этого завалены). Так с боем прорывайтесь к катакомбам, собственно, вы сразу окажетесь около ЧАЭС.
Лебедев снабдит вас двумя новыми пушками, одной вы должны будете отключить пси-защиту Стрелка, ну а другой защищайтесь. Сначала немного попрыгайте по порталам, пока не найдёте удобное место (Лебедев вас оповестит).
Итак, когда вы обезвредите Стрелка, произойдёт прямо противоположное предположению Лебедева явление, аномальная активность не спадёт, а наоборот — произойдёт самый сильный выброс, который изменит ВСЁ. В самый последний момент, в финальном ролике покажут старого знакомого, Меченого, главного героя первой части.
На этом прохождение
STALKER Clear Sky окончено, как видите, в Чистом Небе всего одна концовка.